Otra forma de clasificar al ánime es mediante la temática, estilo o gag que se utiliza como centro de la historia. Aunque existen controversias sobre una clasificación precisa y delimitada del ánime, los más populares son:
-Comedia:son animaciones con un gran sentido del humor, en la que se representan escenas o situaciones similares a las de otras animaciones, se usan nombres comunes en los animes, hacen cosas similares a la vida habitual.
-Cyberpunk: sus historias suceden en mundos donde los avances tecnológicos toman parte crucial en los problemas planteados, junto con algún grado de desintegración o cambio radical en el orden social, adicionalmente su estética también es muy característica.
-Ecchi: se presentan situaciones pervertidas llevadas a la comedia. Generalmente se centra en personajes en edad de colegio y su despertar sexual. Si se sobreexplota el erotismo, usándolo en gran parte de las escenas, pasa a ser fan service. La diferencia entre éstos es que el Ecchi usa las escenas eróticas moderadamente.
-Gekiga: término acuñado por Yoshihiro Tatsumi para referirse a un estilo dramático, más oscuro, serio y realista de relatar las historias. El término, literalmente, significa "imágenes dramáticas".62 Ejemplos destacados son: Ashita no Joe, Kyojin no Hoshi y Golgo 13.
-Gore: ánime literalmente sangriento o con gran cantidad de terror, muy relacionado con el cine.
-Harem: relata historias donde varias mujeres son atraídas por un mismo hombre que suele ser el co-protagonista del anime.
-Harem Inverso: relata historias donde muchos hombres son atraídos por una misma mujer.
-Hentai (literalmente "pervertido") aunque dentro de Japón no se emplea el término, sino Ero-Anime (animación erótica): son historias con contenidos sexuales explícitos, sin embargo a diferencia de la pornografía occidental, sus universos narrativos son mucho más ricos y complejos.
-Isekai: Historias donde el protagonista es transportado a un mundo de fantasías, donde existen la magia y las criaturas fantásticas.
-Jidaigeki: se trata de relatos con contenido histórico, en su mayoría situados en el periodo Edo.
-Kemono: humanos con rasgos de animales o viceversa, usualmente dirigido a público infantil.
-Kinshinsōkan: Relaciones románticas/eróticas entre miembros de la misma familia.
-ahō shōjo también conocido como Magical girl: caracterizado por narrar historias de chicas con poderes mágicos que deben luchar contra algún poder maligno.
-Mecha: sus historias tratan sobre robots gigantes los cuales tienen la responsabilidad de salvar el mundo de un enemigo inhumano. Se distinguen dos subgéneros: los Real Robots (funcionamiento realista) y los Super Robots (funcionamiento sobrenatural).
-Meitantei:son historias policíacas.
-Nekketsu también conocido como Shōnen de lucha: caracterizado por la abundancia de escenas de acción protagonizadas por un personaje exaltado que evoluciona durante la historia y que es comparado con uno o varios antagonistas.
-Post-apocalíptico:son historias que tienen lugar en mundos devastados, aunque guardan similitud con las distopías son diferentes por el momento en el que se desarrolla la historia.
-Romakome: son comedias románticas que han trascendido inclusive al cine.
-Sentai: sus historias retratan a superheróes que se consideran en algunos casos contrapartes de los occidentales.
-Shotacon o Lolicon: sus historias se centran en romances entre niños menores o también entre niños menores y un adultos, en muchos casos los roles de género son volátiles.
-Shōjo-ai o Yuri: sus historias se centran en romances entre chicas o mujeres. Se diferencian el primero del segundo en el contenido, ya sea explícito o no.
-Shōnen-ai o Yaoi: sus historias se centran en romances entre chicos u hombres. Se diferencian el primero del segundo en el contenido, ya sea explícito o no.
-Spokon: caracterizado por el mismo espíritu guerrero del Shōnen de lucha, pero en un contexto -------deportivo. Se exaltan valores cómo la amistad y la cooperación.
-Steampunk: sus historias se basan en mundos donde la tecnología a vapor aún es predominante, localizándose en muchas ocasiones en la época victoriana, debido a esto suele ser entendido más propiamente cómo un estilo estético.
-Suspenso: son historias que se caracterizan por involucrar al público a partir de sucesos inesperados, a partir de lo cual el relato toma un rumbo totalmente distinto y cambia de tono.